Riskanalyser har genomförts för alla kunskapsunderlagen. Dialog har också förts om risker och riskhantering på användarforum och andra möten. Bland de identifierade riskerna för Indikationer för skog med naturvärden finns att kartunderlagen inte håller tillräcklig kvalitet vilket kan påverka förtroende och användning, felaktig användning av underlagen för till exempel statistiska beräkningar, och kritik kring att kartunderlaget kan leda till värdeminskning på fastigheter eftersom det finns en osäkerhet kring förekomst av naturvärden.

De risker som har identifierats för kulturmiljövärdena är att underlagen inte håller tillräckligt god kvalitet vilket kan påverka användning och förtroende. Ett minskat förtroende för underlagen kan leda till sämre hänsyn medan en övertro till materialet kan leda till föreställningen att alla forn- och kulturlämningar har hittats. Vidare finns även risk för plundring, detta gäller särskilt för indikationerna för järnåldersgårdar.

Riskerna hanteras främst genom olika informationsinsatser.

Nästa steg tas av den som använder informationen. Till exempel kan markägaren använda informationen för att komplettera en skogsbruksplan eller ett avverkningsärende. Myndigheter kan använda information som underlag i sitt arbete till exempel med områdesskydd eller tillsyn. Arkeologer kan använda informationen som underlag för kvalitetsgranskningar och registreringar av lämningar i Kulturmiljöregistret.  

För genomförande av Naturrestaureringsförordningen kommer kunskapsunderlagen vara av stor betydelse för att höja kunskapen och kännedomen om skogliga livsmiljötyper, skogliga livsmiljöer för arter samt skogliga indikatorer som exempel olikåldrig skog. Andra viktiga delar i genomförandet av Naturrestaureringsförordningen där kunskapsunderlagen bidrar handlar om skoglig landskapsplanering, rådgivning och samverkan.

Kunskapsunderlagen kan var ett stöd inom förnybartdirektivet där regeringen i en förordning tydliggjort att samrådsplikten enligt 12 kapitlet 6 § miljöbalken omfattar skogsbruksåtgärder i urskog och gammal skog.

Inom avskogningsförordningen hanteras begrepp om skogsförstörelse och otillåten omvandling av skogstyp samt att det inte är tillåtet att bryta mot relevant lagstiftning i produktionslandet. Omvandling av urskog regleras i avskogningsförordningen och är bara tillåten om urskogen efter omvandlingen kan påvisas vara en naturligt föryngrad skog. Då urskog kan anses överlappas av livsmiljötyp kommer en sådan omvandling också att omfattas av bland annat icke-försämringskravet i naturrestaureringsförordningen. När avskogningsförordningen ska börja gälla är ännu inte beslutat.

Materialet bidrar i första hand med ny kunskap om var det kan finnas natur- och kulturvärden till markägare, myndigheter och andra intressenter, som kan bidra till en bättre planering av skogsbruket. Det kan också bidra med ny kunskap i myndigheternas arbete med rådgivning, ekonomiska stöd och områdesskydd.

Med digitala kunskapsunderlag ges också möjlighet att uppskatta troliga förekomster av olika värden i skogslandskapet som kan användas i uppföljningen av miljömålen.